约翰骑士团起源于一家专为朝圣者而设，献给施洗者约翰的本笃会医院，医院于11世纪在耶路撒冷建立。圣约翰骑士团首先是一个救死扶伤的兄弟会。
落脚马耳他
马耳他群岛主要由两个小岛组成：马耳他岛与戈佐岛（Gozo）。马耳他岛是两个岛中较大的一个，18英里长、9英里宽，而戈佐岛不到8英里长、4英里宽。这两个岛位于一条西北-东南走向的轴线上，被一道狭窄的海峡分隔开，海峡内坐落着小岛科米诺（Comino）。群岛的其他两个成员是科米诺托岛（Cominotto）——临近科米诺岛的一个小岩石岛，以及离马耳他岛数英里远的菲尔夫拉岛（Filfla）——另外一个突出海面的岩石岛。马耳他群岛位于西西里岛以南五十英里处，扼守着东西方海路运输的必经之路。从直布罗陀到马耳他群岛的距离，与马耳他群岛到塞浦路斯（Cyprus）的距离大致相等。
这些岛在1530年由神圣罗马帝国皇帝西班牙的查理五世（Charles Ⅴ）赠予圣约翰骑士团，“以便他们能够安宁地执行其宗教义务，保护基督教社区的利益，凭借其力量与武器打击神圣信仰的敌人”。从表面上看这一大礼可谓恰逢其时，因为骑士团自8年前被驱逐出罗德岛后一直居无定所。每年向西西里总督进贡一只猎鹰，以及保证不得与自己的西班牙王国开战便是查理五世所要求的全部回报。
查理五世本质上并不如此慷慨。当看到这一纸诏书附带着马耳他群岛以及位于北非的的黎波里港口的“礼物”时，年迈的大团长维利耶·德·利勒·亚当没准在嘀咕着“当心希腊人的礼物”。的黎波里是基督徒的前哨站,位于臭名昭著的巴巴里海岸线上，周围环绕着充满敌意的伊斯兰国家，查理五世拿来做个人情可谓是容易之至。利勒·亚当对是否接受皇帝诏令的犹豫不决也情有可原。当被他派往马耳他群岛调查情况的委员会发回的报告摆在他面前时，他的迟疑又加深了。
“马耳他岛，”报告里写道，“布满柔软的砂岩（也叫作石灰岩），总长6~7里格，宽3~4里格。岛上仅覆盖着一层3~4英尺厚的土壤，乱石密布，不适合种植谷物及其他粮食作物。”但是，委员会也承认“岛上出产大量的无花果、甜瓜以及其他不同种类的水果；当地居民用来换取粮食的主要交易物包括蜂蜜、棉花和枯茗（俗称孜然）。不过，除了中部几口泉眼之外，全岛再无活水甚至水井，岛民不得不自建蓄水池用于弥补水源不足……”
与土地肥沃而又富饶多产的罗德岛（地中海上最宜居的岛屿之一）不同，马耳他岛对于骑士团调查委员会而言无疑是一种打击。他们报告说，木材在马耳他岛和戈佐岛是如此奇缺以至于要按磅售卖。牛粪和野蓟被用作做饭的燃料。马耳他岛的首府在马耳他语里叫姆迪纳，或在西班牙语里叫诺塔比莱堡，坐落于岛中部的高地上，城中大部分房屋无人居住。岛的西部没有港口或海湾，海岸遍布岩石和沙洲。然而在东部有许多小海湾和入口可供利用，还有两座深水良港，足以容纳世上最大的舰队。不幸的是，其防护措施极为不足。一座名为圣安杰洛的小城堡拱卫着最大的港湾，但仅装备了三门小型火炮以及几门臼炮。
骑士们肯定在报告发回之前就知道马耳他岛上的两座良港，因为好几个世纪以来欧洲各国的舰队就一直在使用它们。实际上，就是这两座良港在促使大团长决定接受查理五世的礼物一事中起了决定作用。圣约翰骑士团当时赖以谋生的手段可被称为“组织化的海盗行为”，而一座良港对于骑士团至关重要。除了西西里岛上的锡拉库萨（Syracuse）和意大利南部的塔兰托（Taranto），尚无其他良港可比肩马耳他岛上的这两座。
除了两座良港令人交口称赞，委员会发现没有一件事让人省心。马耳他岛上大约有12000名居民，大多数是贫苦农民，讲一种阿拉伯语方言。到了夏季岛上又酷热难当。戈佐岛倒是更加林木茂盛地产丰饶一些，但根本没有港口。这座较小的岛上有大约5000名居民，大多数人居住在原始的村落里。小岛最高点只有一座简陋的城堡，一旦发生海盗袭击，当地人即撤往此处。按照委员会的说法，马耳他群岛的居民对每年频繁光顾的穆斯林海盗已是司空见惯，而所有被海盗抓到的马耳他人都会被卖为奴隶。
如果不是骑士团在迫切地寻求新的家园，德·利勒·亚当肯定会婉拒皇帝的礼物。然而，在长达七年多的时间里，他一直周旋在欧洲各个宫廷之间寻求援助。米诺卡岛（Minorca）、伊维萨岛（Ibiza）、伊斯基亚岛（Ischia）——数不清的岛和港口作为骑士团的备选驻地被纳入欧洲君主的考虑范围之内。由于种种原因，所有这些富饶多产的岛都被认定不适合骑士团。
硕果仅存的骑士团
事实上，尽管其高超的作战技艺广受尊重，骑士团本身却不受欢迎。它的骑士成员从欧洲各国招募而来，直接对教皇宣誓效忠，故而无需对其本国保持忠诚。当然，骑士们要遵守不得与基督徒自相残杀的规定，只能与穆斯林敌人作战。
在16世纪，民族主义已成为欧洲事务的主导力量，骑士团这样的跨国基督教教团组织或多或少地受到了猜忌——骑士团的富可敌国及其成员非比寻常的影响力变得众所周知，这一点更是让骑士团的形势雪上加霜。然而，在寻找家园的难处之外，德·利勒明白将被驱离罗德岛的骑士团凝聚在一起已颇为不易。如果再这样漂泊多年居无定所，恐怕骑士团就分崩离析了。所以无论委员会的判断究竟如何，他已经意识到要么就是马耳他岛和戈佐岛，顺带着的黎波里，要么就是一无所有。
1530年秋，耶路撒冷圣约翰骑士团乘船从西西里启程，穿过马耳他海峡，在新家定居下来。在住过素有“地中海花园”美誉的罗德岛之后，骑士们发现马耳他岛是如此不受欢迎，就如他们自己也不受此岛的旧主待见一样。马耳他农民对于谁是自己的主子可能并不在乎。农民们的生活本就已经不堪重负，穆斯林海盗的野蛮略袭更是火上浇油。然而，岛上的贵族阶层，伊瓜纳斯家族（the Inguanez)、马杜卡斯家族（the Manducas)、希贝拉斯家族(the Sciberras)以及其他家族，不是西西里和阿拉贡大户的直系就是旁支，对于新来者的态度绝非欣然接受。
吉本所说的“骑士身为上帝之仆，耻于偷生而乐于效死”并不完全错误。到了16世纪中叶，这一军事化教团日益变得与时代格格不入。诚然，骑士们在马耳他大围攻的时候达到了他们的巅峰，但事实上，这一场胜利只是（本质上同样如此）骑士团落叶飘零前的回光返照罢了。一位马耳他历史学家——毫无疑问受自身偏见的影响——对圣约翰骑士团登上这个群岛的时刻做了以下记述：
当骑士们来到马耳他岛的时候，他们所固有的宗教内核已经衰败没落了。他们的禁欲誓言经常被认为只是形式上的，而且他们之所以引人注目只是由于他们举止傲慢且物欲熏心。另外，马耳他人早已习惯被当作自由民对待，故而对于自身的政治自由被让给骑士团这一点愤恨不已……所以，说马耳他人与他们的新统治者之间毫无情谊也并不奇怪。
当地贵族别无选择，只能接受皇帝罔顾1428年协议而将马耳他岛的自治权让渡给骄傲自大的新来者的现实。他们遁入位于姆迪纳老城的自家宅邸并尽可能地与骑士们不相往来。让他们既惊诧不已又正中下怀的是，他们发现骑士团并无进驻首府的意图。骑士团的主要营生在海上，之所以接受马耳他岛正是由于其优良的海港，因此更愿意驻扎在一个叫比尔古的小渔村里，这个小渔村位于如今大港湾（Grand Harbour)的入口处。骑士们开始修复和扩建这里的防御工事，在狭窄的街道里兴建他们自己的会馆（Auberge）。骑士团在罗德岛上历经两个世纪发展出自己的一套岛屿生活规划和模式。现在，出于保守传统的思维定式，他们开始在马耳他岛上复制罗德岛的模式。
这些全副武装、满腔热忱的人，如同异星访客般划过马耳他岛和罗德岛的历史天空。他们是十字军运动中衍生出的三大骑士团里硕果仅存的一支。三大骑士团中最有权势的一支，圣殿骑士团（the Templars）已于14世纪早期遭到镇压。另外一支，条顿骑士团（the Teutonic order），始终未能从1410年坦能堡（Tannenberg）大败中恢复元气。只有耶路撒冷圣约翰骑士团延续下来，生存在16世纪文艺复兴时期的欧洲，并保留了强盛时期的十字军的热诚与激情。该骑士团起源于一家专为朝圣者而设，献给施洗者约翰（St John the Baptist）的本笃会（Benedictine）医院，医院于11世纪在耶路撒冷建立。1113年，为了感激这所医院为十字军做出的服务，教皇帕斯加尔二世（Paschal Ⅱ）将骑士团及其财产纳入教皇保护之下。迥异于圣殿骑士团——一个致力于与穆斯林作战的纯军事组织，圣约翰骑士团首先是一个救死扶伤的兄弟会。
兴建、布置与改善医院，精研医术和培训医师是骑士团的首要动机。除了位于耶路撒冷的主院之外，他们还在欧洲许多城市设有分院，分院都坐落于朝圣者去往巴勒斯坦的道路上。骑士团的部分职能也包括保护朝圣者的安全。这就不可避免地导致了其军事系统的出现，尤其是在蠢蠢欲动的萨拉森人（Saracens）以及随后的土耳其人让朝圣者往来耶路撒冷和其他圣地的道路变得艰辛凶险以后。然而即使在16世纪，历任土耳其苏丹的好战政策迫使军事组织成为骑士团的主导力量时，骑士团仍然保持着其原始职责。骑士团在抵达马耳他之后的第一批行动中有一项就是兴建一所医院。
骑士团的构成
1291年，在巴勒斯坦的最后一座基督教堡垒陷落之后，圣约翰骑士团先是迁往塞浦路斯，随后在1310年转移到罗德岛。两个多世纪以来，直至1522年苏莱曼发起大围攻将他们赶出罗德岛，骑士团的自身特性发生了演变。早期的“医师为首战士次之”，已转变为“水手为先医师次之”。在罗德岛，骑士们成为地中海最好的水手，有如一支刺向土耳其海岸的矛。当他们无法在陆地上与敌手一争高下时，便摇身一变成为信仰基督教的海盗。
也是在罗德岛，骑士团完善了自身的组织形式，并将之原封不动地带到了马耳他岛。骑士团是一个欧洲所有民族的混合体——一个由基督教武士，也就是“世间最杰出的宗教武士”组成的外籍军团。他们的八角形十字架（由于与马耳他岛的历史关联现已被称作马耳他十字架）象征着真福八端（Eight Beatitudes），四个V字象征着四种美德——宽容、节制、勇敢和正义。
这个独一无二的组织可分为五个不同的类别，然而所有人，无论战士或修士，都团结在严守贞洁和遵从教规的誓言之下。首先是军事骑士（Military Knights），或叫公义骑士（Knights of Justice）。正是这个团体从某种意义上来说主宰着整个骑士团，以盛气凌人的贵族气质让马耳他本土贵族生厌。公义骑士是欧洲的名门贵胄，他们在加入骑士团之前需证明自己的贵族出身之纯正，并提供父系和母系向上至少四代的身份证明。这些证明的必要性无人置疑，这一点在瓦莱塔的骑士团档案里也有案可查。无论一个候选人的家族有多么权势显赫或者富甲一方，只要他有一丝一毫的私生关系（对此在早期是零容忍），或是可疑的平民血统，都不可能通过大团长和议事会的严格盘查。他们负责调查所有候选人的入团申请。在入团后的第一年，年轻的骑士们即加入所谓的“修道会”（Convent）进行军事服役。在骑士团入驻马耳他时期，这种军事服役意味着在舰队里担任军官。一个整年的军事服役义务叫作一个“实习期”（Caravan），经过三年的实习期后，该骑士还要在修道会住上至少两年，然后才有资格被提拔到各行政划分——行政区（Bailywick）、采邑（Commandery）和修道区（Priory）——中更高的职位。并不是所有的骑士在完成骑士团的义务之后都要留在修道会里。有很多人返回了他们在欧洲的庄园并在当地履行义务。当骑士团面临迫在眉睫的危险时刻，大团长有权召集这些骑士返回总部。如果在这种时刻未能报到则意味着被骑士团除名，当事人在社会关系和宗教声誉上都会因此蒙羞。
骑士团的第二个分支由修道院修士（Conventual Chaplain），或者虔诚教士（Chaplain of Obedience）组成，这一阶层并无出身限制。尽管同样要经受实习期的考核，他们实际上在医院和修道院工作。当然他们所有人都是神职人员，有资格升任分部领导人甚至骑士团主教。
第三类是服役的军士，也没有贵族出身的入门要求，仅“受人敬仰”即可。他们的服役纯粹是军事性质的。第四类和第五类分别是地方骑士（Magistral Knight）和恩典骑士（Knights of Grace），他们都是大团长任命的荣誉性骑士。
骑士团的最高层是神圣议会（Sacro Consiglio），也叫最高议事会（Supreme Council），由大团长主持。大团长本人也是一名骑士，历经多年服役，在骑士团各主要职位逐步晋升，并由他的同袍自由选出。最高议事会由骑士团主教、教士、各大语言区的“皮利耶”（Pilier）皮利耶，法语pilier，源于拉丁语“pilla”，本意为“支柱、栋梁”，为骑士团语言区的最高长官。或行政官、各分部修道长（Prior）、修道院管理人（Conventual Bailiff），以及大十字勋章骑士（Knights Grand Cross）组成。
最高议事会云集了骑士团世俗与教务上的杰出之士，他们足智多谋，经验老到。副书记长（ViceChancellor）由两名神父协助，行使秘书长的权力。骑士团主教由西西里总督从大团长提交的三名候选人中选出，随后总督再将他的人选推荐给教皇。可以看出，尽管圣约翰骑士团本质上独立自主且等级森严，他们的规章制度里仍有不少制衡措施以确保选贤任能和人尽其责。在后来的几个世纪里，随着骑士团士气和势力的衰落，很多弊端悄然入侵了这个体制。但是在16世纪，在像拉·瓦莱特这样强力无私的大团长的领导下，这一制度仍卓然有效地运行着。
除了骑士团内部的各个职责划分之外，由八个欧洲主要国家招募而来的骑士们同时也被划归到八大语区，或叫母语区里。这八大语区分别是：奥弗涅（Auvergne）语区、普罗旺斯（Provence）语区、法兰西语区、阿拉贡（Aragon）语区、卡斯蒂利亚（Castile）语区、英格兰语区、德意志语区和意大利语区。法国人实际上凭借着三大语区——奥弗涅语区、法兰西语区和普罗旺斯语区——占据着主导地位。考虑到数量上的优势，数个世纪以来很多赫赫有名的骑士都有法国血统也不足为奇。骑士团历史上最伟大的三位大团长都是法国人：纪尧姆·德·维拉雷（Guillaume de Villaret，1310年），他率领骑士团迁往罗德岛并建立了维持时间长达两个多世纪的基地；菲利普·维利耶·德·利勒·亚当，他于1530年率部迁往马耳他岛；以及让·帕里佐·德·拉·瓦莱特（Jean Parisot de la Valette）。
“纯粹的法国人和一个加斯科涅人”，德·布兰多姆神父（Abbé de Brantme）如此形容拉·瓦莱特这位骑士团历史上最伟大的大团长。骑士团在其领导下达到荣耀的巅峰。为了对付这位伟大的大团长和他麾下的骑士们，苏莱曼大帝决意派出他的陆军主力和奥斯曼帝国所能集结的最庞大的舰队。
